După acuzațiile de plagiat apărute în presa centrală, Lucian Pahonțu a sesizat instanța pentru a verifica legalitatea acordării titlului său de doctor în 2003, cerând constatarea dreptului său.

Teza de doctorat a șefului SPP conține multiple pasaje plagiate, inclusiv fragmente dintr-un document al Securității din 1976, neincluse în bibliografie, fapt dezvăluit de anchete jurnalistice.

Jurnalista Emilia Șercan și experți afirmă că procesul are scopul de a bloca verdictul universității, și amintește un caz similar cu șeful SIE Gabriel Vlase.